C#で独自のアンインストーラを作成する方法を紹介します。
自作のインストーラ作成方法に関しては「独自のインストーラを作成する方法」を見てください。
マニフェストファイルの「requestedExecutionLevel」の「level」に「requireAdministrator」を指定しておきます。これを指定することで実行時に管理者権限で実行できます。権限がないと削除できないからです。
「新しい項目の追加」から「アプリケーションマニフェストファイル」を選択すると、マニフェストファイルを作成できます。